Der Leuchtturm von Rubjerg Knude wurde von 1899-1900 auf dem höchsten Punkt des Küstenabhangs, 60 m über dem Meer, und gut 200 m landeinwärts erbaut. Damals lag nur eine niedrige Düne (2-3 m hoch) zwischen den Leuchtturmgebäuden und dem Abhang. Der Leuchtturm ist 23 m hoch.

Am 27. Dezember 1900 wurde das Leuchtfeuer zum ersten Mal eingeschaltet. Ein langer weißer Lichtstrahl gefolgt von 2 kurzen Strahlen jede halbe Minute. Dieser Strahl konnte bis zu 42 km Entfernung gesehen werden.

Von Anfang an war der Leuchtturm mit einem Wärter, einem Gehilfen und einem Heizer bemannt. Die Arbeit war oft mühsam, nicht zuletzt in den ersten Jahren mit Gasbetrieb. Er war von Anfang an mit eigenem Gaswerk für die Beleuchtung und das Nebelhorn ausgestattet. Damals herrschte die Auffassung, aus Fettgas hergestelltes Leuchtfeuer durchdringe den Nebel am besten. In der Tat war dieses in einem Abstand von bis zu 42 km sichtbar. Bei Sturm mussten Schiffe in Not scharf beobachtet werden. Gegen das Linsengehäuse geflogene Vögel sollten für das Zoologische Museum eingesammelt werden. Die Maschinen mussten funktionstüchtig gehalten, die Gebäude außen und innen gekalkt und gestrichen und schließlich musste die Tür vom Sand freigehalten werden.

Im Jahr 1906 wurde das Gas vom Petroleum abgelöst und 1934 schloss man mit dem Gleichstromelektrizitätswerk bei Liver Mølle einen Vertrag über die Elektrizitätsversorgung.

In der Zeit von 1910 bis 1920 wurden große Mengen am Steilhang abgelagerten Schmelzwassersands aus der Eiszeit auf das Gelände zwischen Leuchtturm und Abhang hinauf geblasen. Um die Versandung zu dämpfen, bepflanzte man die Düne mit Strandhafer. Das Ergebnis war, dass sie bloß immer größer wurde. Je mehr man anpflanzte, desto höher wurde die Düne. Der Sand legte sich um die Gebäude herum, füllte den Brunnen und zerstörte die Gemüsegärten.

In den Fünfzigerjahren grub man große Mengen Sand von der höchsten Stelle der Düne ab, doch ohne das angestrebte Resultat zu erreichen. Zum Schluss lag der Sand so hoch, dass es in gewissen Richtungen nicht mehr möglich war, das Leuchtfeuer vom Meer aus zu sichten.

Gleichzeitig mit dem verwüstenden Sandtreiben wurde die Navigationsausrüstung der Seefahrt weiterentwickelt und der Leuchtturm von Rubjerg Knude wurde allmählich überflüssig. Am 1. August im Jahr 1968 wurde das Leuchtfeuer für immer ausgeschaltet.

Der Linsenapparat des Leuchtturms war in Paris für 42.000 DKK hergestellt worden, was einem Viertel des Preises für den gesamten Leuchtturmkomplex entspricht. Leider existiert dieser Apparat nicht mehr. Um im Kriegsfall einen etwaigen Feind an der Benutzung des Leuchtturms zu hindern, wurden die 134 handgeschliffenen Fresnellinsen vom Gipfel des Turms hinausgeworfen und zerschmettert, als man den Leuchtturm schloss.

Der Küstenabbruch bewirkt, dass die Steilküste immer weiter landeinwärts rückt und die Düne ständig wächst.

Am 14.Juni 1980 wurde das neue Museum für Sand und Sandtreiben mit einer Cafeteria, durch das Vendsyssel Historiske Museum, eröffnet.

1992 wurde Rubjerg Knude unter Schutz gestellt, seither darf der Sand ganz langsam Jahr für Jahr die Leuchtturmgebäude „fressen“. 1994 nahm man das Dach, des dem Meer am nächsten stehenden Gebäude ab und ließ diese vom Sand füllen.

1996 entfernte man dann das Dach vom dahinterliegenden Gebäude.

2002 war es schließlich der Sand, der das Museum für Sand und Sandtreiben und die Cafeteria in die Knie zwang. Die Anstrengungen und Bemühungen gegen den Sand, halfen alle nichts und die Türen wurden am 31. August 2002 geschlossen. Ein kleiner Kiosk in einem Teil des letzten Gebäudes wurde noch kurze Zeit aufrechterhalten.

Am 01.September 2002 war die letzte Gelegenheit, die Aussicht vom Rubjerg Knude Fyr zu genießen. Der Leuchtturm und die umliegenden Gebäude waren von Sand umgeben und es bestand die Gefahr, dass die Wände einstürzten. Aus diesem Grund hatte das Vendsyssel Historiske Museum beschlossen, die beliebte Touristenattraktion für die Öffentlichkeit zu schließen.

Im Dezember 2002 und Januar 2003 entfernte man die Dächer der letzten Gebäude.

Im Jahre 2004 ist die Düne weitergewandert und das 1. Gebäude kam zum Vorschein, allerdings zerstört durch den Sand, es wird aber in wenigen Jahren aufgrund der Erosion ins Meer stürzen. Die Düne wanderte Richtung Nordost weiter und flachte mit den Jahren ab.

2012 hatte die Düne den Leuchtturm passiert, die Überreste der Leuchtturmgebäude lagen wieder frei.

Mit der finanziellen Unterstützung von Realdania, des ENV-fonden sowie der Gemeinde Hjørring beschloss man im Mai 2015, den Zugang zum Leuchtturm wiederherzustellen.

Die Arbeiten zur Renovierung des Leuchtturms starteten 2015 und wurden 2016 abgeschlossen. Rubjerg Knude Fyr erhielt eine neue Treppe, die durch den Turm zum Balkon führt, des Weiteren wurde ein Kaleidoskop an der Spitze des Turms montiert, somit soll das Sonnenlicht in den Turm gelenkt werden. Darüber hinaus wurden die Parkplätze verbessert und neue Weg- und Pfeilmarkierungen erstellt.  Das Projekt kostete 4,4 Millionen DKK. Am 21.März 2016 wurde Rubjerg Knude Fyr für seine Besucher freigegeben und lädt wieder zum sicheren Aufstieg ein.

Im November 2017 war die Naturschutzbehörde in höchster Alarmbereitschaft. Rubjerg Knude Fyr stand nur noch 8 m von der Abbruchkante entfernt. Aufgrund der Winterstürme bestand die Gefahr, dass er doch früher ins Meer hinabstürzen könnte, als vorerst berechnet wurde. Als Eigentümer wollten sie dem Absturz zuvorkommen und den Leuchtturm abbauen.    

Die Gemeinde Hjørring und die Naturschutzbehörde entschieden sich für einen Umzug. Im Jahre 2018 gab die dänische Regierung 5 Millionen DKK frei.  Anschließend wurde das Bauunternehmen Kjeld Pedersen, Lønstrup Murerforretning mit der einzigartigen Aufgabe beauftragt. Der Turm sollte ca. 60 bis 80 Meter ins Landesinnere hineingezogen werden, auf einer Art „Inline-Skates“.

Am 14. August 2019 sperrte man der Bereich um den Leuchtturm ab und die Vorarbeiten begannen. Am 22.Oktober 2019 war es dann soweit, Rubjerg Knude Fyr wurde durch das Unternehmen BMS Krangården, ganz langsam um 70 Meter ins Inland an seinen neuen Standort gezogen. Das Wetter spielte mit und viele Zuschauer verfolgten das Unterfangen.  Am 16. November 2019 gab es eine Wiedereröffnungsfeier.