Es gibt eine recht tragische Geschichte zur Entstehung des Leuchtturms.

Der Erbauer, bekanntes Stadtratsmitglied und Kapitän G. N. Sibbern, der auch Mitglied der Kommission gewesen war, die später das Thorvaldsens Museum herstellen würde, war durch die Handelskammer beauftragt worden, den Leuchtturm und die notwendigen Gebäude zu errichten.

G. N. Sibbern arbeitete mit dem Architekten Georg Nielsen Holgreen zusammen. Die Arbeit schritt wie geplant voran und der Leuchtturm war im Oktober 1842 bereit, als die Optik ankam. Nicht lang nach der Installation, war der Leuchtturminspektor verpflichtet zu berichten, dass der Turm außer Stande war, das Gewicht der Optik zu tragen.

Die Handelskammer stellte fest, dass G. N. Sibbern den Vertrag missverstanden hatte. Das bedeutete, dass G. N. Sibbern den Leuchtturm mit der falschen Wandstärke gebaut hatte. Natürlich bestritt G. N. Sibbern, dass er verantwortlich war, weil der Vertrag nicht eindeutig gewesen war, und ein gesetzliches Urteil für die Handelskammer sehr riskant gewesen wäre. Der mitverantwortliche Architekt Georg Nielsen Holgreen kam mit dieser Blamage nicht zurecht und nahm sich am 12. April 1843 das Leben.

Ganz unerwartet erklärte sich G. N. Sibbern bereit, den kompletten Turm niederzureißen und einen neuen – auf seine eigenen Kosten – zu den genauen Spezifikationen der Handelskammer zu bauen.

Am 28. April 1843 wurde der Architekt Jens Poulsen Jacobsen als neuer Architekt bestimmt. Der alte Turm wurde dem Erdboden gleich gemacht unter neuer Bauleitung entstand an gleicher Stelle ein 20 m hoher achteckiger Leuchtturm, mit einer großen Optik. Die Fertigstellung wurde am 6. November 1843 notiert. Am 15. Dezember 1843 ging Hanstholm Fyr als erster, dänischer Leuchtturm an der Nordseeküste in Betrieb.

1889 wurde der Turm von 20 m auf 23 m erhöht, somit hatte er eine Feuerhöhe von 65 m; er bekam von der Französischen Firma F. Barbier & Cie Constructeurs aus Paris, eine neue Laterne mit elektrischer Bogenlampe (die erste in ganz Dänemark); ein Nebelsignal mit 2 Nebelhörnern; Dynamos und Vakuumpumpen wurden durch Dampfmaschinen angetrieben.

1924 wurde die elektrische Bogenlampe durch eine Glühfadenlampe mit einer Leuchtkraft von 8.000.000 Hefner Einheiten ersetzt. In dieser Zeit war Hanstholm Fyr der Lichtstärkste auf der Welt.

1925 wurden die Dampfmaschinen durch 3 Dieselmotoren mit angeschlossenen Dynamos ersetzt, die Nebelhornsirenen wurden durch elektrische Membranensirenen ersetzt und durch ein Unterwassersignalgerät wurde Hanstholm Fyr mit einem Funkfeuer ausgestattet.

1967 als der Hafen eingeweiht wurde, musste die Lichtintensität reduziert werden, da die Schiffe im Hafen sehr stark geblendet wurden.

1970 wurde Hanstholm Fyr automatisiert.

1993 wurde das Funkfeuer stillgelegt und die Nebelhörner verstummten am 1. Mai 1997.